研究方案

上海11选5推荐号码:Hi-C 测序

服务简介

Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法, 研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系, 获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。

(引自Pueschel R, Coraggio F, et al. From single genes to entire genomes: the search for a function of nuclear organization. Development , 2016 , 143 (6) :910)

武汉金开瑞生物工程有限公司技术顾问、华中农业大学教授,曹罡课题组与华中农业大学李国亮教授课题组在国际著名期刊Nature Genetic(IF=27.125)上联合发表题为“Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture”的研究论文。该论文主要介绍了一种新的染色体构象捕获技术(DLO Hi-C),此技术信噪比高,质量控制于早期,为解析基因组三维结构提供了一种新型、高效、经济的研究方法。金开瑞现推出了10万个细胞水平的Hi-C建库,实现低起始量的Hi-C建库专业化和标准生信分析服务。

DLO Hi-C技术使全基因组染色体构象捕获实验的成本大大的降低,同时简化了实验步骤,使得实验成功率显著提高,对辅助基因组组装、解析基因组远程调控元件的功能、理解疾病易感位点以及检测染色体结构变异有着重要的意义。Nature Genetics同期发表专门评论性文章,对曹罡教授及其合作者的研究工作给予了较高评价“Lin et al. introduce an elegant dual-linkerstrategy that allows for noise filtering and early quality control.”

DLO Hi-C服务流程

交 联
 
酶 切
 
环化连接
 
酶 切
 
建 库
 
测序、分析

特点:在测序量更少情况下,染色质结构分析数据更多,简化文库构建过程,提升建库成功率。

研究思路

Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。

结果展示

1、几种不同的Hi-C衍生方法的对比分析

2、几种不同的Hi-C的衍生方法的矩阵图

3、较优的三种Hi-C衍生技术的A/B compartments 、TADs、Loops的数据读取。

(引自Lin D, Hong P, et al. Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture. Nature Genetics, 2018 , 50 (5)).

应用案例

题目 期刊 影响因子 实验方法 关键词
LHX2-and LDB1-mediated trans interactions regulate olfactory receptor choice Nature 41.577 Hi-C+RNA-seq +ChIP-seq 小鼠嗅觉感受器、成熟嗅觉神经元、FAC、水平基底细胞
Genetic determinants of co-accessible chromatin regions in activated T cells across humans Nature Genetics 27.125 Hi-C+RNA-seq +ATAC-seq T细胞、CD4+T细胞、免疫性疾病、eQTL
Attenuated chromatin compartmentalization in meiosis and its maturation in sperm development Nature Structural &Molecular Biology 13.333 Hi-C+ RNA-seq+ ChIP-seq 减数分裂、精子细胞、三维染色质分隔减弱
Promoter interactome of human embryonic stem cell-derived cardiomyocytes connects GWAS regions to cardiac gene networks Nature Communications 12.353 Hi-C+ GWAS+Western blot+CRISPR/Cas9 干细胞、心肌细胞、心脏基因网络
Integration of human adipocyte chromosomal interactions with adipose gene expression prioritizes obesity-related genes from GWAS Nature Communications 12.353 Hi-C+GWAS+eQTL 脂肪细胞、染色质、肥胖基因、PPARG和CEBPB

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